Alternative splicing variants in breast cancer (Record no. 16264)

Metadata
000 -Etiqueta do registo
campo de controlo de comprimento fixo nam a22 4500
001 - Identificador do registo
Campo de controlo 16264
100 ## - Dados Gerais de Proc.
Dados gerais de processamento 20230904d2023 k||y0pory50 ba
101 ## - Língua da publicação
Língua do texto, banda sonora, etc. Inglês
102 ## - País de Publicação
País de publicação Portugal
200 ## - Título
Título próprio Alternative splicing variants in breast cancer
Primeira menção de responsabilidade Andreia Ringler Chande
Outras menções de responsabilidade orient. Susana Nunes da Silva
210 ## - Publicação, Distribuição
Lugar da edição, distribuição, etc. Lisboa
Nome do editor, distribuidor, etc. NOVA Medical School, Universidade NOVA de Lisboa
Data da publicação, distribuição, etc. 2023
215 ## - Descrição física
Descrição física 58 p.
328 ## - Nota de dissertação ou tese
Especificações da dissertação ou tese e tipo de grau académico Dissertação de Mestrado
Área cientifica do grau académico Bioquímica para a Saúde
Ano do grau académico 2023
Instituição que confere o grau académico Faculdade de Ciências Médicas, Universidade NOVA de Lisboa
330 ## - Sumário ou Resumo
Texto da nota Abstract Cancer is considered a genetic disease that incurs in uncontrolled and disproportional growth of the cells with distinct characterizing hallmarks. Breast Cancer (BC) is the most common type of cancer and a leading cause in death of women therefore remaining a target of study. Hereditary breast cancer (HBC) is tightly associated with mutations in tumor suppressor genes such as the BRCA genes. These are highly penetrant genes involved in the DNA damage response. BRCA1 codes for a multifunctional protein that, when mutated with a pathogenic variant impairs many pathways in the cell. Genetic tests have increasingly been asked for these genes, many resulting in variants of unknown significance (VUS). VUS represent a concern as their biological impact is not known thus, their study is of vital interest. Several are the factors involved in their study. These include mRNA splicing assays, seen as sometimes these VUS lead to alternative splicing of the gene, thus identified as splice variants (SV). Our work is divided in two tasks, firstly our aim was to identify potential SV in different cell lines commonly used in BC research, using one non-tumorigenic (MCF-10A) for comparative purposes and three distinct tumorigenic cell lines (MCF-7, MDA-MB-231 and SK-BR-3). We performed mRNA splicing analysis for the exon 11 (highly alternative spliced region) of the BRCA1 gene using PCR-based techniques. The results obtained for this task indicate that no SV was found in this exon for these in vitro models. In the second part of our study, we cultured an MCF-10A cell line previously cloned by our group with a VUS of the BRCA1 gene located in the exon 11, using CRISPR-Cas9, and applied the same method used for mRNA splicing analysis of the other cells. First, we had to confirm that the cells indeed carried the VUS, which was confirmed establishing a new homozygous in vitro model, and only then applied the method, which, after analysis, apparently indicated that this is not a SV. For further confirmation off the results, we performed direct RNA sequencing by nanopore. Unfortunately, this data is still under analysis and the results are not presented here.
330 ## - Sumário ou Resumo
Texto da nota Resumo O cancro é considerado uma doença genética que incorre num crescimento descontrolado e desproporcional de células que apresentam características distintas. O cancro da mama é o tipo de cancro mais comum e uma das principais causas de morte das mulheres, permanecendo por isso um alvo de estudo para a comunidade científica. O cancro hereditário da mama está frequentemente associado a mutações em genes supressores de tumores, tais como os genes BRCA. Estes são genes altamente penetrantes envolvidos nas vias de reparação do DNA. O gene BRCA1 codifica para uma proteína multifuncional que, quando mutada com uma variante patogénica, prejudica muitas vias na célula. Testes genéticos têm sido cada vez mais solicitados para estes genes, muitos resultando em variantes de significado desconhecido (VUS). VUS representam uma preocupação, uma vez que o seu impacto biológico não é conhecido, sendo o seu estudo de interesse vital. Vários são os fatores envolvidos no seu estudo incluindo ensaios de análise do splicing pelo mRNA. Estes devem-se ao facto de que por vezes estas VUS despoletam mecanismos de splicing alternativo do gene, sendo por isso identificadas com variantes de splicing (SV). O nosso trabalho consistiu em duas partes. O primeiro objectivo foi identificar potenciais SV em diferentes linhas celulares muito utilizadas na investigação do cancro da mama, utilizando uma linha não tumoral (MCF-10A) para comparação, e três linhas tumorais distintas (MCF-7, MDA-MB-231 e SK-BR-3). Foi realizada a análise de splicing para o exão 11 (região alvo de muito splicing alternativo) do gene BRCA1, utilizando técnicas de PCR. Os resultados obtidos indicam que nenhuma SV se encontra presente neste exão para estas linhas. Na segunda parte do estudo, utilizou-se a linha celular (MCF-10A) anteriormente clonada, pelo nosso grupo, com uma VUS do gene BRCA1 localizada no exão 11, utilizando CRISPR-Cas9, aplicando-se de seguida o mesmo método de análise de splicing. Confirmou-se que as células continham a VUS em homozigotia estabelecendo-se um novo modelo in vitro. Os resultados indicaram também que esta VUS não se trata de uma SV. Para confirmação destes resultados, procedemos à sequenciação direta do RNA por Nanopore. Infelizmente, estes dados estão ainda sob análise, não estando os resultados aqui apresentados
606 ## - Nome comum
Koha Internal code 21229
Elemento de entrada BRCA1
606 ## - Nome comum
Koha Internal code 24696
Elemento de entrada Exon 11
606 ## - Nome comum
Koha Internal code 900
Elemento de entrada Breast Neoplasms
606 ## - Nome comum
Koha Internal code 24697
Elemento de entrada Splice Variants
606 ## - Nome comum
Koha Internal code 24698
Elemento de entrada Alternative splicing
606 ## - Nome comum
Koha Internal code 4705
Elemento de entrada MRNA levels
606 ## - Nome comum
Koha Internal code 30
Elemento de entrada Academic Dissertation
700 ## - Responsabilidade principal
Koha Internal Code 24695
Palavra de ordem Chande
Outra parte do nome Andreia Ringler
702 ## - Responsabilidade secundária
Código de função Orientador de tese
Koha Internal Code 22359
Palavra de ordem Silva
Outra parte do nome Susana Nunes da
801 ## - Fonte de origem
País Portugal
Agência NMS
Regras de catalogação RPC
856 ## - Localização e acesso electrónico
URL http://hdl.handle.net/10362/156156
090 ## - Números de controlo do sistema (Koha)
Número biblioitem do Koha (gerado automaticamente) 16264
942 ## - Elementos de entrada adicionados (Koha)
Tipo de item no Koha Documento Eletrónico
Suprimido Disponível no OPAC
Holdings
Removido (estado) Perdido (estado) Data de aquisição Identificador de recurso uniforme Origem do registo (biblioteca) (codificado) Código da organização que empresta ou é detentora (biblioteca) Localização da prateleira Código de barras Cota Tipo de circulação (não pode ser emprestado) Tipo de item e material
Disponível Disponível 2023-09-04 http://hdl.handle.net/10362/156156 Biblioteca NMS|FCM Biblioteca NMS|FCM online 20230104 RUN Normal Documento Eletrónico