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Diagnóstico da infeção congénita por CMV recorrendo a pools de saliva / Julieta Dias Moreira da Silva ; orient. Maria de Jesus Chasqueira, Paulo Paixão

Main Author Silva, Julieta Dias Moreira da Secondary Author Chasqueira, Maria de Jesus
Paixão, Paulo
Language Português. Publication Lisboa : Nova Medical School, 2020 Description xi, 93 p. : il. Abstract RESUMO: O vírus Citomegálico humano (HCMV) é o agente mais comum de infeção congénita, com uma prevalência de cerca de 0,2 a 2,2%, sendo uma causa de morbilidade e mortalidade perinatal. Cerca de 10-15% dos recémnascidos vão apresentar sintomas ao nascimento e 5-15% dos assintomáticos à nascença vão desenvolver sequelas a longo prazo. Nas últimas décadas tem vindo a ser debatida a implementação do rastreio universal. Este permitiria a identificação de crianças infetadas e a intervenção precoce. No entanto, não tem havido um consenso devido aos custos inerentes. De modo a contornar este problema, uma equipa portuguesa validou a metodologia de pools de urina, permitindo a redução de custos. Contudo, a colheita de urina apresenta desvantagens que impedem a sua aplicação num programa de rastreio. Dado que a carga viral presente nas amostras de saliva é semelhante à da urina e a sua colheita é mais fácil e menos dispendiosa, o principal objetivo deste estudo foi validar a metodologia de pools de 10 amostras de salivas para o diagnóstico de infeção congénita por HCMV, utilizando as técnicas de PCR-RT e de nested-PCR. No presente estudo foram analisadas 226 amostras de saliva de recém-nascidos e crianças com idades entre um e três anos colhidas na Unidade de Neonatologia e na Urgência - Serviço de Pediatria do Hospital São Francisco Xavier, CHLO, entre o período de 8 de novembro de 2018 e 16 de maio de 2019. Das 226 amostras de saliva individuais analisadas, 22 (9,7%) foram positivas na técnica de PCR-RT. Destas foram preparadas 22 pools de 10 e 22 pools de 20 amostras de saliva. Ambas as metodologias de pools apresentaram sensibilidade e especificidade idênticas no diagnóstico da infeção por HCMV, quando comparadas com a análise individual. A metodologia das pools de 10 e 20 amostras de saliva mostrou ser útil e permite uma redução de custos de 85% e 89%, respetivamente, no diagnóstico de infeção congénita por HCMV, quando comparada à análise individual das amostras de saliva. Um total de 66 amostras foram testadas em ambas as técnicas de diagnóstico, PCR-RT e nested-PCR. Sessenta e três (98,4%) amostras tiverem resultados concordantes nas duas técnicas, estes dados permitem afirmar que os métodos não são estatisticamente diferentes e que existe uma boa concordância entre elas (p = 0,500; k = 0,8167), isto é, as duas técnicas apresentam a mesma capacidade para diagnosticar uma infeção congénita por HCMV em pools de saliva de recém-nascidos. Os resultados sugerem que o diagnóstico de infeção congénita por HCMV através de amostras de saliva é viável, pois mostraram sensibilidade semelhante às amostras de urina. A técnica de PCR-RT demonstrou ser a mais indicada para este diagnóstico devido às vantagens que apresenta em comparação à nested-PCR. A metodologia de pools de saliva permite uma redução de custos significativa, permitindo dessa forma a implementação de um rastreio universal em larga escala e consequentemente o diagnóstico de todos os recém-nascidos infetados congenitamente por HCMV e a intervenção precoce. ABSTRACT:The human cytomegalovirus (HCMV) is the most common agent of congenital infection, with prevalence between 0.2 and 2.2%, being a cause of perinatal morbidity and mortality. About 10-15% of newborns will show symptoms at birth and 5-15% of asymptomatic newborns will develop late sequelae. In the last decades, the implementation of a universal screening has been debated. This would allow the identification of infected children and early intervention. However, there is a lack of consensus due to the inherent costs. In order to get around this problem, a Portuguese team validated the urine pool methodology, allowing for costs savings. However, the urine’s collection has disadvantages that prevent its implementation of a screening program. Since the viral load present in saliva samples is similar to the one we found in urine samples and its collection is easier and less expensive, the aim of this study was to validate the methodology of pools of 10 saliva samples for the diagnosis of congenital infection caused by HCMV, using the PCR-RT and Nested-PCR techniques. In the present study, 226 saliva samples from newborns and children, aged between one and three years, were collected at the Neonatology and Urgency Unit of São Francisco Xavier’s Hospital, between 8th of November 2018 and 16th of May 2019. From the 226 individual saliva samples analyzed, 22 (9.7%) were positive in the PCR-RT technique. From these, 22 pools of 10 and 22 pools of 20 saliva samples were prepared. Both pool methodologies showed identical sensitivity and specificity in the diagnosis of HCMV infection, when compared with the individual analysis. This pools methodology of 10 and 20 saliva samples proved to be useful and allow a cost reduction close to 85% and 89%, respectively, in the diagnosis of congenital infection caused by HCMV, when compared to individual analysis of saliva samples. A total of 66 samples were tested in both diagnostic techniques. Sixty-three (98.4%) samples had concordant results in the two techniques, these data allow us to state that the methods aren’t statistically different and that there’s a good concordance between them (p = 0.500; k = 0.8167), this means, the two techniques have the same ability to diagnose a congenital infection caused by HCMV in newborn saliva pools. The results suggest that the diagnosis of congenital infection caused by HCMV through saliva samples is viable, as it was showed similar sensitivity to urine samples. The PCR-RT technique proved to be the most suitable for this diagnosis due to the advantages it presents in comparison to nested-PCR technique. The saliva pool methodology allows a significant cost reduction, thus allowing the implementation of a largescale universal screening and, consequently, the diagnosis of all newborns infected congenitally by HCMV and also early intervention. Topical name Cytomegalovirus
Diagnosis
Academic Dissertation
Index terms Dissertação de Mestrado
Microbiologia Médica
Universidade NOVA de Lisboa
NOVA Medical School
2021
CDU 616 Online Resources Click here to access the eletronic resource http://hdl.handle.net/10362/113762
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Documento Eletrónico Biblioteca NMS|FCM
online
NMS http://hdl.handle.net/10362/113762 Available 20210082

RESUMO: O vírus Citomegálico humano (HCMV) é o agente mais comum de infeção congénita, com uma prevalência de cerca de 0,2 a 2,2%, sendo uma causa de morbilidade e mortalidade perinatal. Cerca de 10-15% dos recémnascidos vão apresentar sintomas ao nascimento e 5-15% dos assintomáticos à nascença vão desenvolver sequelas a longo prazo. Nas últimas décadas tem vindo a ser debatida a implementação do rastreio universal. Este permitiria a identificação de crianças infetadas e a intervenção precoce. No entanto, não tem havido um consenso devido aos custos inerentes. De modo a contornar este problema, uma equipa portuguesa validou a metodologia de pools de urina, permitindo a redução de custos. Contudo, a colheita de urina apresenta desvantagens que impedem a sua aplicação num programa de rastreio. Dado que a carga viral presente nas amostras de saliva é semelhante à da urina e a sua colheita é mais fácil e menos dispendiosa, o principal objetivo deste estudo foi validar a metodologia de pools de 10 amostras de salivas para o diagnóstico de infeção congénita por HCMV, utilizando as técnicas de PCR-RT e de nested-PCR. No presente estudo foram analisadas 226 amostras de saliva de recém-nascidos e crianças com idades entre um e três anos colhidas na Unidade de Neonatologia e na Urgência - Serviço de Pediatria do Hospital São Francisco Xavier, CHLO, entre o período de 8 de novembro de 2018 e 16 de maio de 2019. Das 226 amostras de saliva individuais analisadas, 22 (9,7%) foram positivas na técnica de PCR-RT. Destas foram preparadas 22 pools de 10 e 22 pools de 20 amostras de saliva. Ambas as metodologias de pools apresentaram sensibilidade e especificidade idênticas no diagnóstico da infeção por HCMV, quando comparadas com a análise individual. A metodologia das pools de 10 e 20 amostras de saliva mostrou ser útil e permite uma redução de custos de 85% e 89%, respetivamente, no diagnóstico de infeção congénita por HCMV, quando comparada à análise individual das amostras de saliva. Um total de 66 amostras foram testadas em ambas as técnicas de diagnóstico, PCR-RT e nested-PCR. Sessenta e três (98,4%) amostras tiverem resultados concordantes nas duas técnicas, estes dados permitem afirmar que os métodos não são estatisticamente diferentes e que existe uma boa concordância entre elas (p = 0,500; k = 0,8167), isto é, as duas técnicas apresentam a mesma capacidade para diagnosticar uma infeção congénita por HCMV em pools de saliva de recém-nascidos. Os resultados sugerem que o diagnóstico de infeção congénita por HCMV através de amostras de saliva é viável, pois mostraram sensibilidade semelhante às amostras de urina. A técnica de PCR-RT demonstrou ser a mais indicada para este diagnóstico devido às vantagens que apresenta em comparação à nested-PCR. A metodologia de pools de saliva permite uma redução de custos significativa, permitindo dessa forma a implementação de um rastreio universal em larga escala e consequentemente o diagnóstico de todos os recém-nascidos infetados congenitamente por HCMV e a intervenção precoce.
ABSTRACT:The human cytomegalovirus (HCMV) is the most common agent of congenital infection, with prevalence between 0.2 and 2.2%, being a cause of perinatal morbidity and mortality. About 10-15% of newborns will show symptoms at birth and 5-15% of asymptomatic newborns will develop late sequelae. In the last decades, the implementation of a universal screening has been debated. This would allow the identification of infected children and early intervention. However, there is a lack of consensus due to the inherent costs. In order to get around this problem, a Portuguese team validated the urine pool methodology, allowing for costs savings. However, the urine’s collection has disadvantages that prevent its implementation of a screening program. Since the viral load present in saliva samples is similar to the one we found in urine samples and its collection is easier and less expensive, the aim of this study was to validate the methodology of pools of 10 saliva samples for the diagnosis of congenital infection caused by HCMV, using the PCR-RT and Nested-PCR techniques. In the present study, 226 saliva samples from newborns and children, aged between one and three years, were collected at the Neonatology and Urgency Unit of São Francisco Xavier’s Hospital, between 8th of November 2018 and 16th of May 2019. From the 226 individual saliva samples analyzed, 22 (9.7%) were positive in the PCR-RT technique. From these, 22 pools of 10 and 22 pools of 20 saliva samples were prepared. Both pool methodologies showed identical sensitivity and specificity in the diagnosis of HCMV infection, when compared with the individual analysis. This pools methodology of 10 and 20 saliva samples proved to be useful and allow a cost reduction close to 85% and 89%, respectively, in the diagnosis of congenital infection caused by HCMV, when compared to individual analysis of saliva samples. A total of 66 samples were tested in both diagnostic techniques. Sixty-three (98.4%) samples had concordant results in the two techniques, these data allow us to state that the methods aren’t statistically different and that there’s a good concordance between them (p = 0.500; k = 0.8167), this means, the two techniques have the same ability to diagnose a congenital infection caused by HCMV in newborn saliva pools. The results suggest that the diagnosis of congenital infection caused by HCMV through saliva samples is viable, as it was showed similar sensitivity to urine samples. The PCR-RT technique proved to be the most suitable for this diagnosis due to the advantages it presents in comparison to nested-PCR technique. The saliva pool methodology allows a significant cost reduction, thus allowing the implementation of a largescale universal screening and, consequently, the diagnosis of all newborns infected congenitally by HCMV and also early intervention.

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