RESUMO: Os Coronavírus são patógenos importantes para o Homem e animais. Seis espécies de Coronavírus podem causar doenças no Homem e provavelmente têm uma origem zoonótica. Após a epidemia de SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome), foi descoberto o papel proeminente dos morcegos para a evolução de coronavírus, na medida em que estes foram identificados como sendo a sua origem zoonótica. Após a epidemia, uma grande diversidade de coronavírus foi identificada em morcegos de todo o mundo. Estes apresentam a maior diversidade genética de coronavirus em comparação com outros hospedeiros, tornando-se os seus hospedeiros naturais. A região Neotropical contém uma elevada diversidade de espécies de morcegos, apresentando um enorme potencial para estudos de diversidade de coronavírus contudo, a maioria destes estudos só foi realizado com morcegos do Velho Mundo. Neste projeto, eu estudei a diversidade genética de coronavírus em aproximadamente 1000 morcegos do Neotrópico. Eu realizei análises filogenéticas de vários fragmentos da polimerase de coronavírus e caracterizei dois genomas completos: um alphacoronavírus presente num morcego do Brazil (Phyllostomus discolor) e um betacoronavírus de um morcego da Costa Rica (Pteronotus parnellii). O alphacoronavírus pode ser um parente antigo deste grupo e pode estar relacionado com os alphacoronavírus humanos 229E e NL63 e 229E e NL63 relacionados com morcegos. O betacoronavírus também pertence a um antigo grupo relacionado com o grupo C em que o coronavírus humano MERS (Middle East Respiratory Syndrome) pertence. Isto pode corresponder a uma possível explicação para a origem de MERS. Em resumo, esta tese contribui para o aprofundamento dos conhecimentos da diversidade de coronavírus em morcegos do Novo Mundo e fornece uma visão mais aprofundada sobre as origens dos coronavírus humanos MERS, 229E e NL63.

ABSTRACT: Coronaviruses comprise important human and animal pathogens. Six coronavirus species can cause human illness, probably all having a zoonotic origin. The prominent role of bats for coronavirus evolution was discovered in the aftermath of the 2003 SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) outbreak, where bats were identified as the zoonotic origin of this virus and a great diversity of coronavirus was identified in bats around the world. Indeed, bats present the largest genetic diversity of coronavirus compared to other hosts, making them the major natural host. The Neotropical region harbours a high variety of bat species presenting enormous potential for coronavirus studies. However, most of the studies regarding coronavirus diversity were conducted in Old World bats. In this project, I studied the genetic diversity of coronavirus from about 1000 Neotropical bats. I conducted phylogenetic analyses from several coronavirus polymerase fragments and characterized two full genomes, comprising one alphacoronavirus from a Brazilian bat (Phyllostomus discolor) and one betacoronavirus from a Costa Rican bat (Pteronotus parnellii). The Phyllostomus bat alphacoronavirus might be an ancient relative of the human alphacoronaviruses 229E and NL63 and their bat-related coronaviruses. The Pteronotus bat betacoronavirus is an ancient sister clade of the clade c betacoronavirus to which the human coronavirus MERS (Middle East Respiratory Syndrome) belongs and might correspond to an ancient root of the origins of MERS. In sum, this thesis expands the knowledge of coronavirus diversity in New World bats as and gives a deeper insight into the origins of the human coronavirus MERS, 229E and NL63.